Etant autodidacte, je n’ai pas pu expérimenter l’une ou l’autre de ces filières. Mais j’ai pu entendre des retours de collègues qui sont passés par là, où simplement du bouche à oreille.
Ma liste n’est pas exhaustive. Pour avoir une liste plus générale, vous pouvez vous reporter à cette liste sur Wikipedia.
Vous pouvez également vous procurer le Guide des Ecoles d’Art et des Stages. Un volune Hors série annuel publié par Artistes. Cette revue se trouve dans les grands magasins d’art (l’ex Rougier et Plé par exemple). L’avantage de ce guide, est qu’il couvre toutes les régions, donc vous en trouverez sans doute une proche de chez vous...
Ceci dit, voici les références de quelques grandes écoles réputées :

1. Ecole Nationale Supérieure des Beaux-Arts

Je donne cette référence avec beaucoup de circonspection, car la question est épineuse. Les Beaux Arts n’affectionnent pas trop l’illustration.... J’ai donc tendance à ne pas les conseiller pour des carrières d’illustrateurs, car les Beaux-Arts sont tournés vers bien d’autres préoccupations que la peinture figurative, qui est la base de la peinture narrative. Beaucoup de gens entrés aux Beaux Arts en souhaitant devenir illustrateurs sont sortis, soit dégoûtés du métier d’illustrateur, soit dégoûté des Beaux Arts !
Ceci dit, de talentueux illustrateurs comme Monge et Ferronnière sont sortis de ces écoles, donc si vous survivez au lavage de cerveau, vous pouvez toujours vous servir des bases techniques pour asseoir votre travail.
Vous trouverez des écoles des Beaux Arts dans à peu près toutes les grandes villes, simplement en consultant les pages jaunes. Essayez par le bouche à oreille, sur les forums et autre, de savoir quelles sont celles qui correspondent le plus à votre façon de concevoir l’art :
En fonction des directeurs, l’esprit de l’enseignement peut-être très différent.

2. E.S.A.G. Penninghen

www.penninghen.com

L’école m’avait été conseillée par Siudmak, à l’époque où il m’a encouragée à embrasser la carrière de peintre illustratrice. Hélas, l’école n’acceptait pas de candidat au-dessus de 25 ans et je venais de les passer...
L’enseignement y est très sérieux, seul problème : le coût. Cependant, si vous préparez un dossier convainquant, vous pourrez peut-être obtenir des bourses d’études. Pour vous faire une idée, je conseillerais de participer aux journées portes ouvertes, afin de voir le niveau des élèves et le type de travail pratiqué dans l’école. Voici les coordonnées de l’école :

L’école ESAG Mets de Penhigen,
29, 31 rue du Dragon
75006 Paris France
Tél. 00 33 (0)1 42 22 55 07/08
Fax. 00 33 (0)1 42 22 61 98

Sur Paris, vous avez encore :

3. L’école Estienne

Site internet
Ecole supérieure Estienne
Des Arts et Industries graphiques
18 boulevard Auguste-Blanqui
75013 Paris
01 55 43 47 47
01 55 43 47 48

4. Les Gobelins

www.gobelins.fr
73, boulevard Saint-Marcel 75013 Paris
Téléphone : 01 40 79 92 79
Fax : 01 40 79 92 71

5. Emile Cohl

Très réputée, et d’après les retours que j’en ai eu, très bonne. En plus, Lyon est une ville très agréable à vivre !
Emile Cohl
www.ecole-emile-cohl.fr
232 rue Paul Bert, 69003 Lyon, France
Tél : +33 (0)4 72 12 01 01
Fax : +33 (0)4 72 35 07 67

Pour ceux qui sont plutôt intéressés par la BD :

6. Angoulème

Centre national de la Bande Dessinée et de l’image
www.cnbdi.fr
121 rue de Bordeaux
16023 Angoulême Cedex
Tél. : 05 45 38 65 65
Fax : 05 45 38 65 51

Si vous n’avez pas peur de traverser les frontières, la Belgique est aussi réputée (évidemment) pour ses écoles de bande dessinées. Voici donc quelques adresses, à l’extérieur de l’hexagone :

7. Institut Saint-Luc

Instituts Saint-Luc de Bruxelles et Instituts associés
rue d’Irlande 57
1060 Bruxelles
Téléphone : +32(0)2 537 08 70
Fax : +32 (0) 537 00 63
www.stluc-bruxelles.be
E-mail : info@stluc-bruxelles.be

Ecole Supérieure des Arts Saint-Luc
41, bd de la Constitution
B-4020 LIEGE
Tél. +32(0)4 341 80 00
Fax: +32(0)4 341 80 80
www.saintluc-liege.be

8. Tournai

Ecole Supérieure des Arts de Tournai
50, chaussée de Tournai
B-7520 Ramegnies-Chin
Tél. +32(0)69 25 03 66
Fax: +32(0)69 25 03 85
E-mail : secretariat-sup@st-luc-tournai.be
www.stluc-sup-tournai.be

Cette liste est amenée à être complétée au fur et à mesure de mes investigations.